NeoGeshi tomaba por comentarios todo lo que venía después de un punto, estuviera este donde estuviera, fuera realmente un comentario o no. La verdad es que la solución no es óptima, pero, de momento es la que hay. Es la mejor forma encontrada hasta ahora, lo que no quiere decir que represente el último intento.

Se trata de usar, para los comentarios, ".//". Es decir, un punto seguido de dos barras. Esto no es obligatorio, y me explicaré. Si se usa un punto nada más, simplemente, el comentario no será tomado como tal, pero, no interferirá en el resto del código resaltado, y habremos eliminado el problema que se daba con el dichoso punto.

.Comentario sin resaltar
SetVar "[Variable]" ".valor"
 
.// Comentario resaltado
SetVar "[Variable]" ".valor"

Si se usa el punto y las dos barras, se consigue además que se resalte la línea en cuestión como un comentario. En todo caso y como puede verse arriba, parece haberse eliminado el problema de los puntos "en medio de líneas", que hacía que todo más allá del punto fuera considerado un comentario, aunque en realidad no lo fuera.